E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、因縁の敵・アシュレイと激しい戦闘を繰り広げる。戦闘を見守るレイラだったが、突如アキトたちからの連絡が途絶する。必死の通信を試みるも、アキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。戦力も無く、兵士もいないレイラたちの前に、聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる！wZERO部隊が絶体絶命の時、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される。E.U.政権を掌握したスマイラスは国民に宣言する。「E.U.はもはや混沌を極めており、私たちの指導者はいかような犠牲を払ってもこの混乱を収束させると決心しました。今後はユーロ・ブリタニアの支配下に入り、我々の未来を再建することに専念します」完全制覇ユーロ・ブリタニア。これが、スマイラスの思惑だと気づいたレイラは、ユーロ・ブリタニアを救う為、マシン1号を動かし、敵のナイトメアを迎え撃つ。一方、アシュレイもまた、アキトを倒す為に、ガリア・グランデに乗り込んでいた。激しい戦闘の果て、マシン1号は敵のナイトメアを倒すが、代償としてレイラはマシン1号の暴走に巻き込まれてしまう。アキトたちは、レイラの危機を救う為に仲間たちと共にマシン1号の爆発に飛び込む。そして、アキトとアシュレイが相討ちとなり、E.U.とユーロ・ブリタニアの戦いは終わりを迎えた。しかし、ルルーシュとスザクを追い求めるアキトたちは、新たな敵との戦いへと巻き込まれていく。果たして、アキトたちはルルーシュとスザクに勝つことができるのか。そして、E.U.とユーロ・ブリタニアの未来はどうなるのか。すべてが明らかになるのは、次回作『コードギアス 亡国のアキト』である。