苏联公安人员发现，在太平洋和大西洋之间的一个小岛――巴库里附近，经常发生船只失踪、沉没事件。为了调查这一离奇现象，他们派遣先锋号潜水艇前往。然而，就在出发前，重要的任务信息被泄露。两名嫌疑犯中有一个假装死亡逃脱，另一个则潜入了先锋号潜水艇。苏联公安人员采取行动，一路追查，在旅馆抓获了发报人伊万绍夫。同时，另一路跟随先锋号船长瓦伦佐夫，穿过迷雾，最终成功捕获了隐藏多年的破坏分子工程师果烈洛夫，并摧毁了敌对分子的发射基地和发报点。这也揭开了这一地区长期以来不断发生船只沉没、失踪的谜团，这就是所谓的“两个海洋的秘密”。