《潜行狙击》系列电视剧的最终结局承接上一部，梁笑棠（谢天华饰）被判无期徒刑，苏星柏（黄宗泽饰）的谋杀案得以告破。在监狱里，梁笑棠遇见了大学教授霍天任（吴镇宇饰），这位文质彬彬的教授实际上是一位高智商的犯罪心理学家，擅长利用心理陷阱来控制罪犯，甚至可以收服如林雪饰饰演的犯罪头目“巨川”这样的恶人。神秘的女子（文咏珊饰）也来到监狱探望梁笑棠，原来她隶属于比警队更高层次的保安局，而梁笑棠入狱其实是再次担任卧底的角色。保安局副局长（麦长青饰）怀疑杀苏星柏案与潜藏在警队内的黑警团伙有关，所以让梁笑棠假装入狱调查。梁笑棠也利用机会接近监狱里的毒品调查科警长“大切”（杜汶泽饰），但教授也同时利用心理治疗法让“大切”精神错乱，甚至发出了死亡的暗示。最后，梁笑棠与教授之间展开了一场正邪对决，而正义与邪恶的较量也将在监狱内达到高潮。