在光明寺博士为了替代死去的儿子一郎而全力打造的人造人次郎，其思维装置——良心回路的完成过程出现了问题。因此人类对次郎感到恐惧，因为他可以不断学习进步，最终超越人类；而机器人也不喜欢次郎，因为他拥有良心回路，更接近于人类。而拥有良心回路的机器人，可以拒绝被命令，这让次郎在人类和机器人中都受到排斥。在与基路教授的战斗中，次郎通过战斗学习促使良心回路成长，并寻找光明寺博士的下落。然而，此时自称为次郎的弟弟，人造人三郎却向次郎发起挑战，为了证明自己的存在意义。而让次郎无法还手的原因，竟是冷酷的基路教授将光明寺博士的大脑放置在了三郎的身体内！