主人公卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德饰）在即将被处决之前突然意识到自己被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚饰）选中，参加了一项旨在摆脱人类暴力冲动的计划。这个计划使用虚拟现实机器Animus让用户体验祖先的记忆。卡勒姆·林奇被绑在机器上后意识到自己是西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔。他们的目标是寻找控制人类自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯饰）的压力下迫使卡勒姆·林奇回到过去，寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他的身体和心理健康。然而，穆萨（迈克尔·威廉姆斯饰），一位与卡勒姆·林奇同行的杀手，暗示卡勒姆·林奇艾伦动机可能不纯。这使得卡勒姆·林奇开始重新审视自己的行动和动机，而人类自由意志的命运也变得不确定。