1792年，西班牙被天主教掌控，为了避免法国革命的影响，重新开启宗教裁判所来管理国内局势。洛伦佐（哈维尔·巴登饰）是这场运动的领导者，他精于谋略，成功控制了宗教裁判所的权力。画家弗朗西斯科·戈雅（斯特兰·斯卡斯加德饰）是洛伦佐的朋友，因为一个模特伊内斯（娜塔丽·波特曼饰）的缘故，戈雅被冤枉入狱受尽折磨。戈雅请求洛伦佐帮助救出伊内斯，但惨遭洛伦佐背叛，伊内斯被他强奸，并被囚禁在地牢中。
二十年后，西班牙被法国占领，洛伦佐被驱逐流放，意图重掌宗教裁判所。戈雅则因失去了大部分听力而孤独地囚禁在阴暗的内心世界，这段时间却是他创作的巅峰期。法国消灭了西班牙宗教裁判所，伊内斯得以重获自由，但她找到的几乎已经不是记忆中的戈雅。一场悲剧性的往事，将影响各自的命运。