《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史继续向着既定的方向稳步发展。更多人们熟悉的历史人物相继登场。南方仁（大泽隆夫饰）身为医生，在江户时代生存下来，他开设的医馆仁友堂也逐渐走上正轨。有一天，他得知橘咲（绫濑遥饰）的母亲患上常见的脚气病，于是决定制作并推广治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳饰）向仁求助。仁跟随龙马来到京都，医治胜海舟的师父佐久间象山。但令人惊讶的是，从苏醒后的象山口中，仁得知了禁门之变后京都的惨状。此后，新撰组带着仁去救治受伤的萨摩藩主西乡隆盛。在坂本龙马的协助下，仁促成了萨长同盟，为幕末日本的局势带来了巨大的变化。
仁通过亲身经历这段动荡的时代，对自己在这个时代的意义有了全新的认识。在不久的将来，他将再次遇见寻找新生活的野风（中谷美纪饰），同时前篇中围绕他们周围的谜团也将一一得到解答。