《卧底对决》是一部关于黑帮和反黑队的卧底之间的斗争的影片。故事的主要角色是黑帮组织"福和"的丁卓飞和反黑队督察段一凡，他们都是双方安插在对方阵营的卧底。丁卓飞在"福和"做了十年的卧底，为了保护自己的身份，他比其他人更加冷酷无情，渐渐地接近了组织的核心。但是，为了掩盖自己的身份，他不得不亲手拷问同袍，看着他们惨死，这让他开始厌倦这没有尽头的卧底生涯。另一边，段一凡在反黑组中逐渐地得到了重用，甚至有望成为最年轻的总督察。不但事业顺利，他的爱情也很美满，但他却渴望成为一个真正的警察，而不是一个卧底。他决心要摆脱宋先生（陈启泰饰）和他背后的"东利贸易"的影响……一次"福和"和"东利"之间的毒品交易，原来是为了找出双方的叛徒的计谋。两个警察，一个黑一个白，为了追求自己的正义道路，走上了你死我活的对峙较量。