2031年，由于开发的次世代能量装置"量子反应堆"发生暴走事故，世界发生了剧变。地下突然蔓延的闪光吞噬了都市的楼群，覆盖了大地。最终，一种超越生物、机械和植物的未知特异进化生物"B.R.A.I"出现了。
七年后，重生后的翔龙成为了绝对防御都市"新翔龙"。它以惊人的速度完成进化，成为与将人类陷入灭亡危机的B.R.A.I对抗的人类最后的希望要塞。
命运将雷昂、可依、坤灵、道格聚集在新翔龙，他们被迎入防御军的塞西尔、凯恩、杰、格伦所领导。于是，特殊的部队"潘多拉"诞生，他们赌上人类存亡而战。
契约之时，希望被托付给了他们。