在北极，哥斯拉意外地从冰中出现，袭击核潜艇“海洋号”并摧毁北极的军事基地，开始向南行。与此同时，在太平洋制药公司，为了提高节目收视率，公司计划利用发罗岛上的魔神。樱井和古江两名宣传员前往发罗岛，发现岛上出现的魔神竟是金刚。他们将金刚带到日本，但运送金刚的船被日本政府拦截。就在这时，金刚突然从麻醉中苏醒，逃出运输船，游向日本，并在那须高原与哥斯拉首次对决。在第一回合中，哥斯拉利用放射火焰取得胜利，金刚被打败了吗？与此同时，自卫队正展开“火焰攻击大作战”，将汽油倒入河中并点燃，但哥斯拉竟没有直接渡过河流。然而，在高压电流面前，哥斯拉也无法突破，最终被吓跑了。另一边，逃脱的金刚面对阻挡哥斯拉的电塔时，轻易地冲破了障碍，更狂热地吃着美味的电流。金刚最终抵达市中心，并捉住樱井的妹妹作为人质登上国会会议厅。自卫队利用法罗岛细胞莓汁，展开“美味果汁计划”试图制服金刚，但这一计划似乎并未奏效。最终，日本政府决定采取最后的手段——逼迫金刚与哥斯拉进行最终的决战。这场决战将决定谁才是真正的最强怪兽。