《X档案》第九季完结后，穆德（David Duchovny 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲·安德森饰）被强制分开。穆德被派去执行监听任务，而斯科莉则返回学院继续学业。某天，国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露了一个令人震惊的消息：在波多黎各发现了外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德独自前往波多黎各。斯科莉得知消息后也赶到穆德的住处，通过电脑上的旅客名单找到了一些线索，随后也来到了波多黎各。在波多黎各的阿雷希伯，穆德偶遇了一个当地人，并从他手中得到了一幅外星人的绘画。但很快，这个人就离奇地死去了。穆德能否找到外星人来访的确凿证据？