4088年，星系间的危机爆发，人类失去了大部分的惑星。幸存者们寄希望于唯一幸存的惑星“ZION”，但却受到了来自“牺牲者”威克提姆的威胁。为了对抗威克提姆，人们开发了巨大的机械兵器“女神”，但女神的驾驶员需要拥有超凡能力，而且任期短暂而辛苦，因此建立了女神驾驶员训练中心“G.O.A”。每一期训练持续三年，期间学员们住在宇宙船内接受严格训练。然而，不是每位候补生最终都能成为女神驾驶员，只有当现任驾驶员死亡或候补生的战斗能力超越现任驾驶员时，才能晋升为正式驾驶员。
直到5030年，主角杰洛·苑名（ZER...）参加了G.O.A训练，并最终成为了女神驾驶员。在他的身边，有着来自不同阶层、有着不同目的的女神驾驶员们。他们为了保卫“ZION”，与威克提姆展开殊死搏斗。杰洛和其他驾驶员们不断成长，也逐渐揭开了威克提姆的阴谋。在这场星系间的战争中，杰洛和他的伙伴们最终能否取得胜利，保卫“ZION”呢？