柯南和小五郎带领着一大队人,来到太平洋中的迷人小岛——神海岛,度过一个轻松的假期。这座岛上流传着一个古老的传说,说的是一座古代遗迹——“海底宫殿”沉没在海底,同时还有一位女海盗在300年前留下了一段宝藏传说。小兰和园子对这些传说毫不在意,潜水时却意外遇到了一群正在寻找宝藏的猎人。可惜,其中一人被鲨鱼袭击身亡!小兰和园子侥幸逃脱,柯南则开始调查那位猎人的诡异死状。
柯南认为猎人之死与宝藏传说有着密切的关系,他试图找出背后的原因,而“海底宫殿”的谜题一直困扰着他。他发现一组神秘的名词——“JollyRoger(海盗旗)”,以为有所进展,却没想到猎人突然现身,偷走了他们发现的宝藏!小兰和园子落入了猎人的掌控,危险四伏!究竟隐藏在传说中的信息是什么?“海底宫殿”又隐藏着什么秘密?柯南决心要解开这个跨越300年的谜题。