这是一个在攻壳机动队成立之前，鲜为人知但影响深远的故事。在2027年6月6日的一天，属于陆军501机关的真室中佐在市中心遭遇谋杀。此前，他卷入了一桩涉及贿赂的军火交易丑闻，他的死亡背后隐藏着无数谜团。在阴雨绵绵的夜晚，公安9课课长荒卷大辅和生化人草薙素子在真室中佐的墓地相遇。当时，草薙还只是担任501机关网络犯罪调查的军人，她的目的是为了找到被冤枉的中佐和死亡背后的真相。然而，他们发现棺木里的中佐已经不翼而飞。此后，草薙受荒卷的委托展开调查，与前特种部队成员巴特和新滨县刑警陀古萨一起，经历了一连串危险的追查。令人迷惑的案情引导草薙等人逐步探索未知的领域。
本片改编自士郎正宗的原作，讲述了一段扑朔迷离的故事。