这是一个在攻壳机动队成立之前,鲜为人知但影响深远的故事。在2027年6月6日的一天,属于陆军501机关的真室中佐在市中心遭遇谋杀。此前,他卷入了一桩涉及贿赂的军火交易丑闻,他的死亡背后隐藏着无数谜团。在阴雨绵绵的夜晚,公安9课课长荒卷大辅和生化人草薙素子在真室中佐的墓地相遇。当时,草薙还只是担任501机关网络犯罪调查的军人,她的目的是为了找到被冤枉的中佐和死亡背后的真相。然而,他们发现棺木里的中佐已经不翼而飞。此后,草薙受荒卷的委托展开调查,与前特种部队成员巴特和新滨县刑警陀古萨一起,经历了一连串危险的追查。令人迷惑的案情引导草薙等人逐步探索未知的领域。
本片改编自士郎正宗的原作,讲述了一段扑朔迷离的故事。