这部电影是1986年版《变蝇人》的续集，于1989年拍摄。故事继续讲述第一部中的维尼卡怀上赛斯的孩子的情节，她在产下一个蝇蛹时被吓死。科研机关巴托工业园收养了这个蝇蛹，名叫马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹饰），由老板巴托先生（约翰·盖兹饰）抚养。巴托先生表面上对马丁照顾备至，实际上却将他当作研究对象，暗中监视并记录他的一举一动，希望了解他父亲生前的时空传送装置。马丁看起来普通人一样，但他却拥有惊人的生长速度和超人的智力。他与美女贝斯·洛根（达芙妮·祖尼加饰）相爱，但是隐藏在他体内的变异染色体突然复活，让马丁面临着变成下一个“苍蝇人”的恐怖命运。