故事发生在一个海底的水族箱里，哈罗德是一条鱼，他有四个小孩，其中一个女儿叫伊莎贝尔。但是伊莎贝尔长得不好看，身上长满斑点，缺少鳞片，被其他鱼嘲笑。鱼群的领袖瑟斯顿命令哈罗德把伊莎贝尔藏起来，以免被人类发现，被丢进大海里。然而，伊莎贝尔还是被人类发现了，她和哈罗德被丢进了大海。海上突然发生巨大的风暴，水族箱里的鱼都掉进了大海，伊莎贝尔和哈罗德也失散了。伊莎贝尔遇见了一条叫艾普尔的鱼，结识了一群长相奇特的鱼，它们因为外表不完美而被同类排斥。在艾普尔的带领下，伊莎贝尔和这些鱼决定穿过火山，来到珊瑚礁寻找哈罗德。与此同时，哈罗德在海黄瓜卡尔的帮助下寻找女儿，但是没有找到，伤心欲绝，离开了鱼群。成功穿过火山的伊莎贝尔在珊瑚礁上遇见了哈罗德，还有一个意外惊喜，珊瑚礁女王竟然是伊莎贝尔的妈妈。一家人团聚在一起。