《忍者学校》故事发生在一个充满忍者文化的地方。故事主人公是一个富家小子郝笑文（郝邵文饰），他和一个自称“侍女”的丑妹一起到忍者学校学习。在这里，唯利是图的忍者学校为他们大门敞开。然而，笑文才华横溢的同学小宝和小莹则只能靠实力争取入学的机会。笑文和他的新朋友们，在忍者老师一元（吴孟达饰）和二次的指导下，开始了各种忍术的学习。但是，这帮顽皮的孩子们在生活和学习中也不忘寻找恶作剧的机会，使学习手里剑、潜水和吃饭都变成了一场场笑闹剧。他们甚至利用催泪弹赚取外快，连校长（黄一飞饰）也对他们无计可施。某天，一位自称为“绝世忍者”的大叔来到忍者学校。十年前，他曾在忍者比赛中落败，从此一蹶不振。但是他一直在苦练，只为找到当年的劲敌。令人惊讶的是，当年的对手竟然是一元老师。大叔向四个小家伙求助，究竟他们该怎么应对呢？