在未来的2199年，来自外太空的加米拉斯帝国为了拯救自己的母星，开始入侵其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的战斗中遭受重创，同时还遭受到大量含有放射能的游星炸弹的袭击。地球的抵抗力量日益衰弱。幸运的是，伊斯坎达尔星球与地球曾是双胞胎星球，它们仗义相助，向地球军提供了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球拥有一种可以清除放射能的设备——“宇宙清洗器D”。在与欧洲和美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球的技术，将沉睡在海底的大和号改造成为宇宙战舰。大和号上的全体船员踏上了一段漫长的征途，希望取回“宇宙清洗器D”。