在遥远的古代，有三大部落黄帝、炎帝、蚩尤相争天下。炎帝之子炽因不满父亲将首领之位传给身世不明的炎而发动叛乱。叛乱平息后，炽消失无踪。不久后，被黄帝击败的炎帝暗中离开，改名神农，用百草救世。多年后，炽改名瘟神，与神农多次对抗，制造瘟疫祸害世人，让神农束手无策。炎帝部落的衰落加剧了黄帝与蚩尤之间的争斗。一次，双方交战时，得知各自部落发生大规模瘟疫。黄帝和蚩尤立即率军回营救治。
黄帝发现许多子民在瘟疫中受苦甚至丧生，心怀忧愁。在人群中，黄帝发现了神农，他正尽力救治病人。两位老对手再次相遇，黄帝心中充满怨恨，但也尊敬神农的医术。尽管神农竭尽全力，仍无法完全消除瘟疫。感慨人间疾苦的神农独自祈求天降福音。
此时，玉帝之命，仙人赴凡间，神农恳求他们能赐予净化瘟疫之法。在天庭中，玉帝与诸神商议后，决定赋予神农一枚符印，令其可以完全控制瘟疫。得到玉帝的神力相助，神农苦心解救，最终成功消除瘟疫。从此，瘟疫不再祸害人间，神农也被尊为医药之祖。神农与黄帝也重新认识，互相敬重，结束了千年的仇恨。