在很久以前，神秘的奇居子生物入侵了太阳系，导致人类无家可归，只能乘坐巨型飞船希德尼娅在宇宙中流浪，这已经持续了一千年。现在，希德尼娅的居民们已经有一百年没有遭遇奇居子的袭击了，但是他们仍然保持警惕，培养了一代又一代操纵人形兵器“卫人”的驾驶员。有一天，住在地下的青年谷风长道被迫上到地面偷米，被人发现后，舰长决定让他成为第628期卫人驾驶员的训练生。在这里，他遇到了之前曾经见过一面的善良女孩星白闲、友好的第三性人科户濑伊扎那以及高傲固执的岐神海苔夫等人。不久，年轻人们外出执行采集任务，却突遇百年不见的奇居子。宇宙战争再次爆发，将持续下去。这部电影改编自贰瓶勉的漫画原作。