五年前，哥斯拉被埋入三原山，日本终于过了一段平静的时期。但是为了预防万一，自卫队决定利用哥斯拉的细胞制造抗核细菌（ANB），并将之前被摧毁的超级武器“Super_X”改造成“SuperX2”。然而，在此时哥斯拉在三原山里再次复活，引发关东地区的频繁地震。为了阻止哥斯拉，白神博士加入了ANB计划。同时，他还将哥斯拉细胞与女儿细胞及玫瑰细胞混合，制造了不死植物碧奥兰蒂。然而，在一次事件中，碧奥兰蒂被释放并巨大化。同时，三原山爆炸，哥斯拉再次现身，自卫队无法阻止其向东京移动。最终，“SuperX2”出战，使哥斯拉改变了移动方向。但是在激烈的战斗中，“SuperX2”最终被打败，而哥斯拉却朝着碧奥兰蒂的方向前进……