这部电影讲述了从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，却意外地将地球从可怕的危机中拯救出来的故事。在剧场版中，KERORO军曹和他的小队遇到了最新、最恶和最强的敌人。当冬树和KERORO小队一同去参观印加帝国的马丘比丘遗迹时，他们却因为迷路发现了一个神秘的少女。回到东京后，他们面临着与KERORO长得一模一样却拥有黑暗侵略计划的敌人的对抗。最强的KERORO带领着CIBABA、DORURU和MIRURU等部下开始在世界各国实施侵略行动，而KERORO小队则必须迎击这一切。在战斗中，冬树发现自己对那位神秘少女产生了特殊的情感，这也让故事变得更加扣人心弦。随着战斗的进行，KERORO小队能否战胜最强的敌人，拯救地球？一切的答案都将在这部惊险刺激的电影中揭晓。