《高仓家的三兄妹》讲述了高仓家三兄妹的故事。兄弟俩高仓冠叶和高仓晶马以及患有绝症的妹妹阳毬，这是一个以他们为中心展开的故事。
高仓兄弟俩对阳毬爱护有加，但医生却告诉他们要做好随时失去妹妹的准备。有一天，他们一起去水族馆游玩，却发现妹妹不见了。之后，在人群中发现阳毬昏迷不醒。医生宣布阳毬已经死亡，但奇迹般的是，她在停尸房里醒过来了！
兄弟俩非常惊讶，把妹妹接回了家。不久后，他们收到了一个神秘的包裹，里面竟然装着三只奇怪的企鹅。这些企鹅非常可爱，但除了兄弟俩，其他人都看不见它们。这一切究竟是怎么回事？命运的转折又将如何发展？