據說，漁民和飛行員月岡和小林在無人島上的石洞目擊了哥斯拉和一隻背部長滿刺的怪獸安基拉斯在展開激烈的戰斗。當他們返回大阪後立即報告這一情況，防衛隊隨即成立對策本部，並確認安基拉斯也是受過氫彈試驗而甦醒的怪獸。由於缺乏有效武器對抗哥斯拉，山根博士提出了以燈光誘導怪獸回到海中的方案。
在經過燈火管制後，哥斯拉出現在大阪灣，防衛隊在灣外發射照明彈以引誘其返回海中。然而，就在此時，幾名囚犯趁機逃獄，並駕駛運油車逃離。由於速度過快，運油車失控撞入工廠，引發大爆炸並引發火災，最終導致哥斯拉登陸大阪。哥斯拉破壞了大阪的建築，並與安基拉斯展開激戰。最終，哥斯拉咬死了暴龍安基拉斯，並以火焰將其火化，然後消失在海中。
之後，月岡和小林一起前往北海道，與從前的戰友再次相聚。就在此時，哥斯拉在北海道海域被發現，並登陸了神子島。隨後，轟炸機被派遣前往對抗哥斯拉，但遭到了慘重的損失。最終，哥斯拉被放射火焰擊敗，再次消失在海中。