在大灾难“第二次冲击”之后，世界在废墟之上重新恢复。14岁的少年碇真嗣在父亲碇元渡的召唤下来到了第3新东京市。然而，他所见到的却是巨大的生物“使徒”与军队的激烈战斗。在危急时刻，特务机关NERV的葛城美里救下了真嗣，并带他前往NERV总部，这里就是他父亲碇元渡的领导下运作的。但是，父亲并没有热情地迎接他，反而冷酷地命令他驾驶被称作“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。起初，真嗣对此表示拒绝，但是当他看到受伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。这样，一直没有经过训练的真嗣将要驾驶初号机迎击使徒。
每一次使徒的袭击都让真嗣感到无比压力，而神秘的绫波丽的身份让他更加困惑。同时，来自德国的驾驶员明日香·兰格雷也加入了战斗，14岁的少年要面对比自己更强大的对手。而碇元渡却始终冷静地观察着一切，因为他有着一个名为“人类补完计划”的神秘计划，这一切都是按照他的计划进行。