蓝海医院院长周霖面对日益严重的医患矛盾，感觉有些倦意，尤其是蓝海医院被定为医疗改革试点单位后，更觉力不从心，卫生厅刘会计遭人谋杀，巨额回扣款丢失又将他卷入漩涡。他担心医改问题的解决，更担心利益回撤，自己卷入其中。周霖感到欣慰的是，有两位得意门生：冷傲孤寂的李卫国，临床经验丰富，手术干净利落，外号“小李飞刀”；热情开朗的陆一鸣，剑桥学成归来，满怀抱负，锐意改革。然而，当面对医改这个重大课题时，两人的分歧暴露出来，加剧了他们之间的矛盾。平时也面临着安乐死、艾滋病、江湖游医等新鲜又棘手的个案，两人的矛盾日渐激化。周霖希望自己的女儿电视台主持人周可馨与陆一鸣结婚，但是周可馨却疯狂地爱上了李卫国，青春干练的她无法控制自己的感情。与此同时，实习医生刘洋也暗暗爱上了陆一鸣，而大美人吴竟则因为做医疗器械，而在李卫国与陆一鸣之间徘徊。她的出现，更加复杂了两人之间的关系。除了医院内部的问题，周霖还面临着外部社会的挑战。下岗工人的盲孩无钱看病，女大学生为了讨清白而被迫打工受辱，无辜的老百姓因为卖血而染上爱滋病。还有红包事件、毒奶粉等社会事件，让周霖倍感压力。周霖必须在医改的道路上保持理性，同时在朝气蓬勃的年轻医生和现实社会之间把握平衡，解决医院内外的种种问题。只有在这样的压力和挑战下，才能让他成长为真正的医学家。