金田一耕助是一名年轻的侦探，他受委托来大阪调查发生在蛟龙堂的一桩神秘案件。蛟龙堂是一家以药材批发起家的店铺，后来因为秘制药丸而声名远扬。但是，由于两名弟子之间的不合，蛟龙堂分裂成两家，分别称为“元祖”和“本家”。两家在街对面经营，长期以来都存在着暗斗。而在两年前，本家的第三代当家善池喜一郎和元祖的当家丸部长彦发生了争执，喜一郎更是用硫酸毁了长彦的脸容。从此，长彦戴着面具深居阁楼，而喜一郎则不知所踪。喜一郎的妹妹初惠找来了金田一来调查本家员工被跟踪的事件，却意外目睹了长彦被绑架并遇害的现场。这起案件仍然与两代人的恩怨有关，金田一必须揭开多年来的秘密。与此同时，曾经成为名侦探的明智小五郎也化身为记者，与金田一展开了一场激烈的对决。这部电影改编自芦边拓的著作。