戈薇是一名就读于国中三年级的15岁普通小女生。一天，她偶然穿过家中神社的枯井，来到了500年前的战国时代。那个时代，战争肆虐，妖怪横行，世间生灵涂炭。在御神木那里，戈薇邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，犬夜叉曾想变成真正的妖怪，为了得到四魂之玉，结识了拥有强大灵力的巫女桔梗。随着时间的推移，两人之间产生了感情。犬夜叉希望能变成人类，而桔梗也想在净化四魂之玉后过回普通人的生活。然而，对桔梗心怀邪念的盗贼鬼蜘蛛将她的灵魂和肉体献给了妖怪，最终转生为邪恶的半妖奈落。在他的挑拨下，犬夜叉被桔梗封印在神木上，而重伤的桔梗则在悲伤和绝望中死去。
戈薇转生的桔梗救了犬夜叉，但却不小心将四魂之玉打碎成了碎片。为了找回碎片，她和犬夜叉以及后来遇到的伙伴们：七宝、弥勒、珊瑚，踏上了充满艰难和危险的旅程。