公元2010年，全球遭受巨大损失，人口减少到30亿，世界地图发生了巨大变化。在日本，政府设立经济特区重建国家，使用“力量辅助”技术取得成功。然而，其他地区仍陷入贫穷，贫民区不断扩大。统治阶级“Logos”使用这项技术来压制反抗者，“Levinas”则被排斥。时光流逝，公元2035年，主人公葛城丈和伙伴鹤泽是特殊部队“幻影”的成员，被派去监视“Levinas”。在一次任务中，他们遇到了神秘的少女登戸沙那。围绕着沙那，各种人的思想纷纭交织，故事随着他们的前进而展开。他们面临的未知究竟是什么......