随着人类大规模从事太空活动,住在宇宙航天站的调整员和居住在地球上的自然人之间的矛盾日益加剧。在C.E70年2月14日,也被称为“血色情人节”的这一天,宇宙战争爆发,由专门军事组织“Z.A.F.T.”(扎夫特)组成的调整员殖民卫星和以大西洋联邦为首的地球联合军开始对抗。
调整员阿斯兰(石田彰配音)的母亲在这场战争中不幸丧生,他决定加入扎夫特,参与夺取地球军正在秘密研制的新型高性能机动战士的计划。与扎夫特对立的地球军则积极抵抗,阿斯兰的青梅竹马、同样身为调整员的基拉(保志总一朗配音)无意中被卷入地球军的阵营,抢夺尚未被劫走的高达机体。在一系列的行动中,基拉展现了强大的战斗力,也在敌对的情况下与阿斯兰再度相遇,展开了一段充满爱恨情仇的战争与和平的故事。