14年前，发生了一场巨变，初号机似乎觉醒神化第一形态，带来了近三次冲击。这导致NERV旧部成员葛城美里等人离开，组建了反抗seele和NERV的Wille。Wille命令明日香和真里去夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣，但禁止真嗣登上初号机。真嗣跟随绫波丽登上九号机，回到了千疮百孔的NERV总部。在那里，他重逢了绫波，并从父亲那里得知他将与美少年渚薰共同驾驶十三号机。经历了14年的空白，真嗣陷入了沉思，面对种种变故和情感纠葛。渚薰的出现揭开了许多难以置信的真相。这部电影是EVA新剧场版四部曲的第三部。