金色のゴーダンナーは、杏奈がダンナーベースを出て行ってから3ヶ月が過ぎた…。ダンナーベースで起きた大量発生した擬態獣との戦いは、ゴオ＆ミラの活躍によって終息を迎えつつあった。しかし、ミラは原因不明の病によって気を失うことが多くなっていた。そんな中、再び擬態獣の出現によりゴーダンナーは危機的状況に…。静流は最後の望みをかけて杏奈を迎えに行くが…。果たして、杏奈は再びダンナーベースに戻り、ゴーダンナーのピンチを救うことができるのか！？そして、封印から目覚めたロボットが今動き出した時、世界はどのような未来を迎えるのか！？