一个恐怖组织试图在日本市民中散播致命病毒，以造成惨重的人员伤亡。一位警视厅高官授命给18岁的天才黑客高木藤丸协助调查此次案件。藤丸的父亲本来也参与此案，但因卷入误杀事件而被通缉。恐怖组织的一名成员化名成为生物老师，混入藤丸就读高中的同学中，监视藤丸。为了保护妹妹安全，藤丸不得不答应恐怖组织的要求，盗取发电厂管理员的密码。在百货公司，有传言说致命的bloody-x病毒可能被小丑散播，警视厅出动所有人力，但最终发现这只是虚惊一场。然而，当大家放下心来时，恐怖组织已经开始了他们的真正计划。BloodyMonday，是那些死去的人最后说出的话，也是隐藏的阴谋与秘密。