堂本一辉是著名的钢琴演奏家，之前他决定放弃钢琴专攻管风琴，并建造了堂本音乐厅。然而，在音乐厅即将落成的前夕，堂本音乐学院的学生先后死亡，一起爆炸案件和一起单人被杀案件发生。园子带着柯南一行人前往音乐厅听排练，认识了一位女高音歌唱家秋庭怜子。但随后，秋庭也遭遇危险，茶被下毒、森林浴时被空气枪袭击，甚至在试演会当天被击晕。然而，柯南从这些事件中找到了推理的线索：凶手试图排除秋庭作为凶手的可能性。就在演奏会即将开始时，音乐厅外突然发生爆炸，小兰、灰原哀以及一千多名观众都陷入危险中，而秋庭的绝对音感成为了唯一的生命线索。柯南最终找到了爆炸事件的真相，必须在凶手引爆最后一个炸弹之前将其找出。