这是五十年后的未来，世界被名为“荒神”的怪物吞噬，变得荒芜不堪。人类失去了平衡，文明濒临崩溃。面对荒神的毁灭性破坏，传统的兵器毫无作用。直到生化科技企业“芬里尔”利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器，组建了特殊部队“GODEATER”。人类终于获得了与荒神对抗的能力。
这引发了人类和荒神之间的战争，荒神追求知性的极致，而人类则为了自身的延续。GODEATER的使命是阻止靠近地下居住区的荒神，并搜集荒神的核心和素材。在这个破灭的时代，究竟是人类将成为神，还是神将成为人类？GODEATER的成员将与死亡擦肩而过，为了人类的未来奋勇战斗。