电影开始时，场景被设定在一片茂密的森林中。一个名叫Yukinari的男孩听到了一声呼救。Yukinari是一个天真善良的男孩，但在残酷的社会中生活。这一次的经历可能会让他终身受益。
他走进森林，遇见了保护森林的Mika。Mika和Celebi（雪拉比）关系密切。伐木工人给森林带来了麻烦，Yukinari决定帮助Mika摆脱这些伐木者。Mika向Yukinari解释了森林面临的危险，并告诉他们必须在有限的时间内找到某个答案。突然，Celebi出现了，将他们带到了40年后的时代。
在那里，他们遇见了主角Ash、Misty和Brock。令人惊讶的是，Ash和Yukinari似乎有某种血缘关系。与此同时，火箭队成员Bisashu也在积极寻找Celebi。他带着一个金属头盔站在...