2029年3月某日，某国大使馆遭到一群接受过大规模义体改造的武装分子的袭击，许多外国使节及其家属都成了人质，情况十分紧急。草薙素子召集了巴特、陀古萨等得力部下，制定了详细的营救计划。然而，意外情况突然发生。与此同时，离大使馆不远的一座摩天大楼发生了日本首相被密码箱炸弹暗杀的事件，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹也在爆炸中丧生。经过仔细调查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络上扩散，而她的身世居然与这一系列事件有着密切的联系。面临危机，阴谋悄然浮出水面。
本片是根据士郎正宗的同名原作改编，是《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。