1939年，德国发动激烈的闪电战，迅速侵占了波兰的大部分领土。这场战争不仅给民众带来了巨大的苦难，也让美丽善良的安东尼娜和丈夫扬·扎宾斯基博士的动物园遭受了重创。面对德军的轰炸，夫妻二人不仅要面临动物园停业的危机，还要看着自己的犹太朋友被逐出家园。为了让朋友们能有一个暂时的避难所，安东尼娜和扬决定将他们藏匿在动物园里。但是随着德军的进驻，犹太人遭到了更加残酷的迫害。看着众多犹太人的悲惨遭遇，扬选择将动物园改造成犹太人的避难所。夫妻二人找到了一位身为德国军官的故交卢茨·赫克帮忙。赫克作为一名动物学家，也希望通过利用动物园的美洲野牛来繁育已经绝种的欧洲野牛。于是，他欣然同意以为德军提供猪肉的名义，将动物园改造成养猪场继续经营。扬借由从犹太人聚集区运送草料的机会，悄悄救出了一批又一批的犹太人。这些人被安置在动物园的空荡荡的兽栏里，每当夜幕降临，他们便走出黑暗，一同用餐、交谈。但是战争愈演愈烈，扬为了救国加入了华沙救国军，却在战斗中受伤被俘，生死未卜，下落不明。此时，身单力薄的安东尼娜面临着巨大的压力，她必须独自承担起照顾这些犹太人的重任。在夫妻二人的共同努力下，这些犹太人终于在动物园里找到了一个安身之所。他们在黑暗中相互扶持，不仅得以生存，更重要的是重新获得了希望和尊严。虽然战争带来了无尽的痛苦，但是通过温情和勇气的力量，这个小小的动物园成为了无边的爱与善良的象征。