西元2045年，超时空要塞7号舰领导着第37次超远距移民团向银河中心进发，与神秘的巴洛达军多次交战。2046年，某次巡逻中发生意外，导致瑪哈拉女军官辞去军职，而退役的部下之父对她怀恨在心，难以释怀。就在她遇到危险时，被一位腳穿空中冰刀的少年救了。这位少年叫御堂柴，是一位粗野的T-CRUSH选手，有着“黑色轰炸机”的绰号。据说柴曾是一位渴望成为天才飞行员的人，现在则是超时空要塞7号舰长麦克斯的私生子。瑪哈拉对柴很感兴趣，带领新成员担任柴所属队伍的教练。艾妮卡则担任经理，她一心想成为歌手，但对柴和瑪哈拉的关系感到困惑。瑪哈拉完全无视艾妮卡的感受，让柴和莫巴德展开竞赛。虽然柴运用自己拿手的技巧表现出色，但最终被接受了瑪哈拉指示的莫巴德打败。之后，柴和瑪哈拉的关系变得更加微妙，而艾妮卡也开始对柴产生了特殊的感情。随着超时空要塞7号舰的航行，这三个人之间的关系也逐渐复杂起来。